MERIAN ScienceLog - Nr. 5
Auf Bakterienfang
Sandra Fehsenfeld (32) ist Studentin der Biologie im siebten Semester in Kiel und die einzige Biologin an Bord. Als zunächst ausgebildete Biologisch-technische Assistentin wechselte sie 2005 von der molekularbiologischen Arbeit am Deutschen Krebsforschungszentrum (DKFZ) und Europäischen Molekularbiologie-Labor (EMBL) in Heidelberg zum Studium der biologischen Meereskunde, Zoologie und Meereschemie nach Kiel. Die Diplomprüfung und
-arbeit ist ab April kommenden Jahres ins Auge gefasst.
Hier an Bord ist sie als studentische Hilfskraft verantwortlich für die Filtration von Wasserproben für eine in Kiel anschliessende genauere Analyse der DNA bzw. RNA von den im Wasser lebenden stickstofffixierenden Bakterien.
6. November 2008
Dieses war die erste lange - oder auch kurze, je nach Blickwinkel - Nacht für mich. Zwar habe ich noch einen recht lockeren Zeitplan, aber da ich bisher an den Stationen Proben genommen habe, an denen auch ein ARGO Float ausgesetzt wurde (siehe Log Nr. 3), wollte ich diesen Rhythmus beibehalten – und da war eben um zwei Uhr nachts die nächste Station angesetzt. Das Aufstehen ging aber besser als gedacht und unverhoffterweise kam ich in den Genuss einer weiteren Stunde Schlaf, da der Wasserschöpfer noch nicht wieder von seiner Mission in die Tiefe zurück an Bord war. Um vier Uhr ging es dann aber los: wenn die sensibleren Proben für die Tracer- und Sauerstoffbestimmung genommen sind, bin ich an der Reihe und zapfe meine 2 Liter aus den Schöpfern (Abb.1).
Bild 1 Wasserzapfen an der CTD-Rosette
Dabei achte ich darauf, dass ich verschiedene Tiefen vertreten habe: eine Oberflächenprobe, da dort die meisten Bakterien zu erwarten sind, und dann noch Proben aus der Sauerstoff-Minimum-Zone bei etwa 300-400m Tiefe. Wenn Zeit bleibt, versuche ich an der einen oder anderen Station auch ein Tiefenprofil zu erstellen und dafür noch ein paar Zwischentiefen zu beproben.
Ist das Wasser gezapft, filtriere ich davon so viel wie möglich über Filtermembranen in mein Filtriergestell (Abb.2.) Dafür habe ich allerdings nur zwei Stunden Zeit, da sonst die Bakterienzellen zu sehr in Mitleidenschaft gezogen werden - denn gerade DNA und RNA sind sehr empfindlich und degenerieren schnell.
Bild 3 Die Filtergestelle
Bisher reichte die Zeit dafür, etwa 800-900ml durch den Filter zu „jagen“, bevor ich die Filter dann bei -80°C wegfriere. Die weitere Analyse kann erst in Kiel gemacht werden. Dort werden Prof. Julie LaRoche und Carolin Löscher anhand der DNA und RNA untersuchen, welche Bakterienarten in den Proben zu finden sind und wie ihre Artenzusammensetzung sich in den einzelnen Gebiete und Tiefen unterscheidet. Besonders interessant sind für die beiden Forscherinnen diejenigen Mikroorganismen, die in der Lage sind, Stickstoff (N2) aus der Atmosphäre zu fixieren. Das kann längst nicht jedes Bakterium, weswegen Stickstoff auch ein Nährstoff im Ozean ist, der das Wachstum von Organismen limitiert.
Um kurz vor sieben ist dann der erste Abschnitt meines Arbeitstages vorerst zu Ende. Die nächste für mich interessante Station ist erst für halb neun heute Abend angesetzt.
Bis halb acht halte ich jetzt aber auch noch aus, denn dann gibt es Frühstück und ich habe gerade unbändige Lust auf einen Pfannkuchen mit Banane und Nutella!